Presentations: "multi-contrast OCT microscope"

Here we release five short presentation videos about our multi-contrast OCT microscope.

1. "Label-free imaging of mouse liver dynamics" by Pradipta Mukherjee
2. "Tissue dynamics imaging of tumor spheroid" by Ibrahim Abd El-Sadek
3. "Computational directional OCT imaging" by Daisuke Oida
4. "Polarization sensitive OCT microscope with computational refocusing" by Lida Zhu
5. "Tissue scatterer density estimation by deep learning" by Thitiya Seesan

The videos are available on this YouTube Play list or the embedded video screen below. (You can select each presentation by the playlist, while all videos are played in a sequence at the embedded  video screen.) Enjoy!

私達の「マルチコントラストOCT顕微鏡」の左心の研究成果を紹介するショート プレゼンテーション ビデオ5件を公開します。英語のプレゼンですが、画像を見るだけでも面白いと思います。ぜひみてみてください！

ビデオはこの YouTube プレイリスト もしくは下の埋込ビデオから視聴できます。

※埋め込みビデオでは5つのプレゼンが連続して再生されます。プレイリストではプレゼンを選んで再生できます。

Joschi, Yoshiaki Yasuno

安野嘉晃

研究紹介：マルチコントラストOCT顕微鏡（仮想開口顕微鏡）

マルチコントラストOCT顕微鏡プロジェクトの紹介ビデオ（日本語）を作成しました。筑波大学の学部生対象のオムニバス講義用に作成されたビデオのため、35分と長尺ですが、私達のOCT顕微鏡プロジェクトを包括的に紹介しています。ぜひご覧ください。

冒頭リマーク [YouTube (1:09)]

    OCT顕微鏡プロジェクト紹介 [YouTUbe (35:32)]

Publication: Label-free imaging of cancer spheroid dynamics

 Our colleague Ibrahim Abd El-Sadek recently published his new technology "dynamics optical coherence tomography OCT imaging." In this study, he demonstrated new imaging method, which is a combination of new imaging protocol of OCT and a newly developed signal processing method. 

By using this method, he successfully visualized the tissue activity of human cancer culture (MCF7 spheroid) totally non-invasively. This method also successfully visualized the anti-cancer drug response of the MCF7 spheroid.

The details are reported in Biomedical Optics Express, a journal of Optical Society of America.

>> Full length article (open access).

The digest of this research is also available on this short presentation video (YouTube).

私達の研究室の博士課程在学中の Ibrahim Abd El-Sadek さんが組織ダイナミクスイメージングに関する論文を発表しました。この研究で Ibrahim さんは新たに「組織の活動性を非侵襲・ラベルフリーにイメージングする手法」を開発しました。これは、OCTの新しい走査法とOCT信号の時間ゆらぎを解析する新しい信号処理手法の組み合わせによって実現されています。

この手法により、ヒト乳がん由来の培養組織（細胞凝集体）内部の代謝や壊死の様子の可視化に成功しました。また、この培養組織の抗がん剤に対する薬剤反応の可視化も可能になりました。

詳細は米光学会の学術雑誌 Biomedical Optics Express に発表されています。

>> Full length article (open access).

この研究のダイジェストはこのプレゼンテーション ビデオ（YouTube) でもご覧いただけます。

Citation:
I.A. El-Sadek, A. Miyazawa, L.T.W.Shen, S. Makita, S. Fukuda, T. Yamashita, Y. Oka, P. Mukherjee, S. Matsusaka, T. Oshika, H. Kano, and Y. Yasuno, "Optical coherence tomography-based tissue dynamics imaging for longitudinal and drug response evaluation of tumor spheroids," Biomedical Optics Express 11, 6231- (2020).

Publication: Phase stabilization for holographic OCT processing

Our colleague Kensuke Oikawa recently reported a newly developed numerical method for volumetric phase stabilization of optical coherence microscopy (OCM) in Biomedical Optics Express.

In this study, Kensuke developed a new method to estimate the volumetric phase error (bulk phase error) of OCM, and also developed a method to correct this error. This method enabled highly accurate holographic processing of OCT.

By using this method, he demonstrated holographic refocusing of volumetric OCM of muscle samples. Owing to this methods, the fine muscle fiber structure was visualized over more than 600-um depth.

The details of the research is reported in Biomedical Optics Express.

>> Full length article (open access).

当研究室の及川健介君が研究成果を Biomedical Optics Express 誌に発表しました。

　ここで新たに開発された手法は、三次元OCT顕微鏡（OCM）のデータにおける位相誤差を推定し、さらにそれを補正するものです。この位相補正により、OCMデータにホログラフィー処理を適用してその画質を向上することが可能になりました。

　論文の中では、実際に「ホログラフィック・リフォーカス」と呼ばれる処理を用いることで、三次元のOCMデータの全深さ領域におけるフォーカスずれの補正を行いました。これにより、深さ600ミクロンい所の範囲で生体試料の微細な筋繊維が可視化されました。

この研究の詳細は Biomedical Optics Express 誌に掲載されています。

>> Full length article (open access).

K. Oikawa, D. Oida, S. Makita, Y. Yasuno, "Bulk-phase-error correction for phase-sensitive signal processing of optical coherence tomography,"  Biomedical Optics Express 11, 5886- (2020).

Publication: Numerical analysis of polarization sensitive OCT signal

Our collaborator Hiroyuki Ichikawa from Ehime University and we jointly reported the numerical analysis of signal property of polarization sensitive optical coherence tomography (PS-OCT).

In this study, we used finite-difference time-domain (FDTD) method to analyze the OCT probe beam's propagation property in a periodic structure. By this analysis, we found an artificial signal peak is generated as the OCT's probe beam passing through a grating structure.

This method will be used to interpret PS-OCT signals and to relate it to sample structures.

The details of the research is reported in OSA Continuum.

>> Full length article (open access).

愛媛大学の市川裕之先生と私達の研究グループの共同研究の成果が論文発表されました。

この研究では時間領域差分法と呼ばれる電場数値解析手法を用いることで、偏光OCTのプローブ光が格子状のサンプルに入射した際のOCT信号の特性を解析しています。この解析により、格子状のサンプルをOCTで撮影した場合、本来存在しない一に擬似的な信号ピークが発生することが確認されました。

今後、この解析手法を拡張子、偏光OCTの信号がどのような組織構造に対応していくのかを解析していくことになります。

この研究の詳細は OSA Continuum 誌に掲載されています。

>> Full length article (open access).

H. Ichikawa, Y. Yasuno, and H. Fujibuchi, "Optical coherence tomography interpreted by diffractive optics: A-scan image formation with wavelength-scale diffraction gratings as samples," OSA Continuum 3, 2395- (2020).

年俸制技術職員募集

 ◎筑波大学安野研究室では、次のとおり年俸制職員を募集します。

• 【募集人員】　1名
• 【勤務場所】　筑波大学医学学系棟
• 【職務内容】　細胞および組織サンプルの作製および病理組織学的解析と機能イメージング解析
• 【応募資格】　細胞および組織サンプルの作製および病理組織学的解析と機能イメージング解析ができる方
• 【雇用期間】　2023年10月1日～ 2024年3月31日
• 【勤務時間】　8:30～17:15（1日7時間45分、休憩60分）
• 【休　　日】　土曜日、日曜日、祝日、年末年始（12月29日～1月3日）
• 【給　　与】　年俸制とし、年俸額の1/12を月額として支給する。いずれも本学の規定に基づき、経歴等を考慮し決定。上記の外、一定の条件を満たす場合には、通勤手当、時間外勤務手当等を支給
• 【有給休暇】　休暇等の制度は、本学が定める就業規則等による。
• 【選考方法】　書類選考後、通過者には本学で面接を行います。
• 【応募方法】
• ①履歴書：写真添付、電話番号、E-mailアドレス記載のこと
• ②職務経歴書：様式自由（A4版に時系列で会社等名、職種、雇用形態、週勤務日数及び時間数、職内容を記載のこと。 
• 【応募締切】　2023年7月  1８日（火）必着
• 【応募先】
• 〒305-8577　つくば市天王台1-1-1国立大学法人筑波大学　3F702　安野研究室　
• TEL：029-853-5217